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營建署表示，為辦理莫拉克颱風災後永久屋興建作業，自98年8月起多次召開會議並函請相關縣（市）政府，請其儘速完成災民意願調查工作，確定長期安置需求後，由內政部協助辦理住宅安置重建作業。目前依相關縣（市）政府提報資料情形，優先推動9處長期安置基地重建作業（高雄縣2處、屏東縣1處、臺東縣3處、臺南縣1處、嘉義縣1處、南投縣1處，計為101.05公頃，可安置2344戶），營建署並於98年11月5日及98年12月8日召開「莫拉克颱風災後長期安置住宅重建基地作業」控管進度協調會議及「莫拉克颱風災後安置災民與聚落遷建興建永久屋進度」協調會議，加速督促相關後續安置作業。
營建署表示，目前9處已進行土地使用規劃作業之安置基地進度，以高雄縣月眉農場案最快，高雄縣政府已於98年10月23日核發開發許可，並於98年12月29日核發二期建造執照（計1066戶），目前由慈濟積極興建永久屋中；另高雄縣五里埔案，高雄縣政府已於98年12月2日核發開發許可，並於98年12月16日完成土地徵收計畫審議及公告，預計於99年1月15日完成使用分區及使用地變更登記作業。
屏東縣瑪家農場案，屏東縣政府已於98年12月18日核發開發許可，並於98年12月24日提送徵收計畫書，預計於99年1月14日完成土地徵收計畫審議與公告。
臺東縣太麻里鄉德其段案及大武鄉舊大武國小案，係位屬都市計畫區，其中太麻里鄉德其段之都市計畫（「變更太麻里都市計畫【部分商業區及「機四」機關用地為住宅區】案」）變更作業已於98年12月1日發佈實施，另大武鄉舊大武國小之都市計畫（「變更大武都市計畫【修訂原住民產業專用區土地使用分區管制要點】【配合莫拉克颱風災後重建】案」）臺東縣政府已於98年12月31日核定。
營建署表示，其餘4處安置用地（臺東縣賓茂國中案、臺南縣芒果蒸熱場案、嘉義縣番路鄉轆子腳段案及南投縣水里鄉林務局閒置宿舍【水里國中對面】案）因仍於土地使用規劃階段，未來將協同各縣市政府、受託辦理規劃作業之工程顧問公司及民間團體等相關單位加速辦理後續安置作業。